Die Geschichte der freikirchlichen Gemeinde in Altengesees beginnt 1920, als in Thüringen die reformierten und lutherischen Kirchen der kleineren Fürstentümer zu einer Thüringer Landeskirche zusammengefasst wurden. Gegen diese so genannte „späte Union“ protestierten einige Gemeinden, die lutherisch bleiben wollten. Zu ihnen gehörte auch die Gemeinde Altengesees unter Pastor Johannes Hachenberger. Bisher gehörte die Gemeinde zur Evangelisch-Lutherischen Kirche des Fürstentums Reuß (jüngere Linie).

Nach einigen Schwierigkeiten erhielt man schließlich 1927 die Registrierung als „Altlutherische Kirchengemeinde“ beim Amtsgericht Lobenstein.

Über die Saalfelder St. Paulusgemeinde hatte man bereits Kontakt zur Evangelisch-Lutherischen Freikirche geschlossen und im Jahr 1938 wurde die Altengeseeser Gemeinde in den Synodalverband aufgenommen.

1943 verstarb der langjährige Pastor Hachenberger und die Gemeinde musste über viele Jahre von Sachsen aus, durch die Pastoren Gotthilf Herrmann und August Lerle, betreut werden.

1950 gelang es schließlich die Pfarrstelle wieder zu besetzen und auch ein Pfarrhaus zu errichten. Seither dienten Otto Tesar (1950-53), Rudolf Seyboth (1954-58), Dieter Hagert (1960-69) und Joachim Herrmann (1969-80) der Gemeinde.

Zwischen 1980 und 1989 wurde die Gemeinde vom Vikar und späteren Pfarrer Stefan Müller betreut. Zwischen 1990 und 1993 unterstützte Pastor Gotthilf Döhler, der als Ruheständler im Pfarrhaus wohnte, den Vakanzpastor Reimund Hübener (Zwickau Sa.) in der Gemeindearbeit.